Structural basis for bacterial energy extraction from atmospheric hydrogen

細(xì)菌從大氣氫中獲取能量的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)

來(lái)源：Nature | Vol 615 | 16 March 2023

 

摘要核心內(nèi)容

 

論文解析了細(xì)菌Mycobacterium smegmatis中氫化酶Huc的結(jié)構(gòu)與功能機(jī)制，揭示其如何高效氧化大氣中痕量氫氣（H?）。關(guān)鍵發(fā)現(xiàn)：

 

超高親和力：Huc的Km=129 nM，可氧化低至31 pM的H?（圖1a,d），遠(yuǎn)超傳統(tǒng)氫酶（Km>500 nM）。

 

 

氧氣不敏感性：在21% O?下保持活性（圖1c），打破常規(guī)氫酶的氧抑制瓶頸。

獨(dú)特能量傳遞：通過(guò)94?長(zhǎng)的疏水通道直接還原甲萘醌（MQ），驅(qū)動(dòng)呼吸鏈（圖4i）。

 

選擇性氣體通道：狹窄疏水通道（寬4-5?）優(yōu)先結(jié)合H?而非O?（分子動(dòng)力學(xué)模擬，圖3g,h）。

 

研究目的

 

闡明微生物氧化大氣H?的分子機(jī)制，填補(bǔ)痕量氣體代謝的知識(shí)空白。

解析高親和力氫酶Huc的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)，破解其耐氧性之謎。

揭示Huc與呼吸鏈的偶聯(lián)機(jī)制，闡明能量傳遞路徑。

 

研究思路

 

graph TD

A[基因工程菌構(gòu)建] --> B[Huc純化]

B --> C[冷凍電鏡結(jié)構(gòu)解析]

C --> D[酶動(dòng)力學(xué)表征]

D --> E[電化學(xué)活性檢測(cè)]

E --> F[分子動(dòng)力學(xué)模擬]

F --> G[生理功能驗(yàn)證]

 

測(cè)量數(shù)據(jù)及意義

 

酶動(dòng)力學(xué)參數(shù)（圖1a-d）

數(shù)據(jù)：Km=129 nM（H?），kcat=7.05 s?1（10倍低于低親和力氫酶）。

意義：量化Huc對(duì)痕量H?的捕獲能力，解釋其生態(tài)適應(yīng)性。

 

電化學(xué)活性（圖1e-f, 擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖2）

 

方法：蛋白膜電化學(xué)（Unisense電極系統(tǒng)）。

數(shù)據(jù)：起始電位E?????=-80 mV，過(guò)電位η=255 mV（圖1e）。

意義：揭示Huc的高氧化電位特性，為大氣H?氧化提供熱力學(xué)基礎(chǔ)。

 

冷凍電鏡結(jié)構(gòu)（圖2, 圖3）

 

 

分辨率：1.52?（核心區(qū)），全球最高氫酶結(jié)構(gòu)（圖2c）。

關(guān)鍵特征：

八聚體組裝（833 kDa）（圖2a）

3個(gè)[3Fe-4S]簇（替代常規(guī)[4Fe-4S]）（圖3b）

D-構(gòu)型組氨酸（His166）調(diào)節(jié)氧化還原電位（圖3i）

 

氣體通道模擬（圖3g-h）

數(shù)據(jù)：H?通道瓶頸直徑4.2?（O?需4.8?），實(shí)現(xiàn)立體選擇性。

意義：解釋O?耐受性的物理基礎(chǔ)。

 

結(jié)論

 

結(jié)構(gòu)-功能偶聯(lián)：Huc的窄疏水通道+[3Fe-4S]簇構(gòu)成高效痕量H?氧化系統(tǒng)。

能量傳遞創(chuàng)新：直接還原MQ（非傳統(tǒng)電子載體），通過(guò)94?長(zhǎng)通道實(shí)現(xiàn)跨膜能量傳遞（圖4i）。

生態(tài)與工程價(jià)值：為全球H?循環(huán)提供分子解釋，并為生物燃料電池設(shè)計(jì)提供新模板。

 

Unisense電極數(shù)據(jù)的詳細(xì)解讀

技術(shù)原理

 

檢測(cè)核心：Unisense微電極系統(tǒng)（三電極體系：工作電極/參比電極/對(duì)電極）

關(guān)鍵參數(shù)：

旋轉(zhuǎn)圓盤電極（PGE，2mm直徑）

恒電位儀控制電壓掃描（-600至+100 mV vs. SHE）

H?濃度梯度：10 ppm至5%（圖1f）

 

研究意義

 

超高靈敏度驗(yàn)證（圖1f）

在10 ppm H?（≈40 nM）下仍檢測(cè)到催化電流，直接證明Huc對(duì)大氣H?（530 ppb）的氧化能力。

 

過(guò)電位量化（圖1e）

η=255 mV的測(cè)量值解釋：高過(guò)電位降低反應(yīng)速率（kcat低），但提升對(duì)低濃度H?的響應(yīng)能力，破解高親和力之謎。

 

氧氣耐受機(jī)制（擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖2）

對(duì)比實(shí)驗(yàn)：E. coli Hyd1在21% O?下失活，Huc電流穩(wěn)定（圖1b），實(shí)證O?不敏感性。

 

生理電子受體確認(rèn)

甲萘醌（E°=-74 mV）為最佳電子受體（圖1d），支持Huc-MQ直接偶聯(lián)模型（圖4i）。

 

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

 

無(wú)損檢測(cè)：蛋白膜電化學(xué)保持酶天然構(gòu)象

動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)：實(shí)時(shí)解析催化電流與H?濃度的關(guān)系（圖1f）

生理相關(guān)性：模擬細(xì)胞膜界面環(huán)境（電極表面固定化酶）

 

總結(jié)：Unisense電極數(shù)據(jù)是連接酶結(jié)構(gòu)與生態(tài)功能的橋梁，通過(guò)精準(zhǔn)電化學(xué)表征，揭示Huc突破“低濃度H?+高O?”雙重限制的分子機(jī)制，為理解全球氫循環(huán)提供關(guān)鍵技術(shù)支撐。